Pengorganisasian pembelajaran di SMP Negeri 49 Surabaya tergambar pada kegiatan kurikulum, yang diharapkan mampu mengembangkan kompetensi sikap, pengetahuan, dan keterampilan serta dapat diterapkan dalam kehidupan sehari hari. Kurikulum yang digunakan adalah kurikulum Merdeka. Peserta didik diharapkan mendapatkan pengalaman bermakna pada konteks global. Pengalaman belajar diwadahi dalam kegiatan intrakurikuler, proyek Profil Pelajar Pancasila (P3), dan ekstrakurikuler. Kurikulum merdeka mencakup tiga tipe kegiatan pembelajaran sebagai berikut:
Pembelajaran intrakurikuler yang dilakukan secara terdiferensiasi sehingga peserta didik memiliki cukup waktu untuk mendalami konsep dan menguatkan kompetensi. Hal ini juga memberikan keleluasaan bagi guru untuk memilih perangkat ajar yang sesuai dengan kebutuhan dan karakteristik peserta didiknya.
Pembelajaran kokurikuler berupa projek penguatan profil pelajar pancasila, berprinsip pembelajaran interdisipliner yang berorientasi pada pengembangan karakter dan komptensi umum.
Pembelajaran ekstrakurikuler dilaksanakan sesuai dengan minat murid dan sumber daya satuan pendidik.