Bentuk kerjasama dengan instansi atau lembaga lain sering dilakukan SMPN 49 Surabaya, salah satunya dengan UNESA dalam program Surabaya Mengajar. Hal ini merupakan hubungan simbiosis mutualisme yang artinya bisa menguntungkan kedua belah pihak, pihak mahasiswa dari UNESA bisa mengimplementasikan metode mengajar, sedangkan SMPN 49 Surabaya dengan adanya mahasiswa dari UNESA bisa membantu dalam melakukan pembelajaran baik di bidang akademik maupun non akademik.
SMPN 49 Surabaya juga melakukan kerjasama dengan Toko Buku Toga Mas, yaitu di event2 tertentu di di sekolah Toga Mas bisa membuka stand both, hal ini tentu menguntungkan bagi Toko Buku Toga Mas, pun juga pihak SMPN 49 Surabaya selain menambah meriah event juga akan menambah minat baca seluruh warga sekolah